HTML:

<ya-map ya-zoom="10" ya-center="[37.64,55.76]">
    <ya-geo-object ya-source="geoObjects[0]" ya-options="{preset:'twirl#redStretchyIcon',draggable:true}"></ya-geo-object>
    <ya-geo-object ya-source="geoObjects[1]" ya-options="{preset:'twirl#violetIcon'}"></ya-geo-object>
    <ya-geo-object ya-source="geoObjects[2]"
                   ya-options="{iconImageHref:'img/myIcon.gif',iconImageSize:[30, 42],iconImageOffset: [-3, -42]}"></ya-geo-object>
</ya-map>
<button ng-click="changeOne()">Сменить первый объект</button>
<button ng-click="changeCoords()">Сменить координаты второго объекта</button>
    

javascript:

$scope.geoObjects=[
    {
        geometry: {
            type: 'Point',
            coordinates: [37.8,55.8]
        },
        properties: {
            iconContent: 'Метка',
            balloonContent: 'Меня можно перемещать'
        }
    },
    {
        geometry: {
            type: 'Point',
            coordinates: [37.6,55.8]
        },
        properties: {
            iconContent: '1',
            balloonContent: 'Балун',
            hintContent: 'Стандартный значок метки'
        }
    },
    {
        geometry: {
            type: 'Point',
            coordinates: [37.56,55.76]
        },
        properties: {
            hintContent: 'Собственный значок метки'
        }
    }
];
$scope.changeOne = function(){
    $scope.geoObjects[0]={
        // Геометрия = тип объекта + географические координаты объекта
        geometry: {
            // Тип геометрии - точка
            type: 'Point',
            // Координаты точки.
            coordinates: [37.7,55.7]
        },
        // Свойства
        properties: {
            iconContent: 'Метка',
            balloonContent: 'Меня можно перемещать'
        }
    }
};
$scope.changeCoords = function(){
    $scope.geoObjects[1].geometry.coordinates=[37.7,55.9];
};