HTML:

<div>
    Количество меток: <input ng-model="params.pointCount" type="number"><br>
    <input type="checkbox" ng-model="params.useCluster"> Использовать кластеризатор<br>
    <button ng-click="add()">Добавить на карту</button>
    <button ng-click="remove()">Удалить все метки</button>
    <div ng-show="params.useCluster">
        Размер ячейки кластера в пикселях: <input type="number" ng-model="params.size">
    </div>
</div>
<ya-map ya-zoom="9" ya-center="[37.573856,55.751574]" ya-after-init="init($target)">
    <ya-cluster ya-after-init="initCluster($target)"
                ya-options="{preset:'islands#redClusterIcons'}">
        <ya-geo-object ng-repeat="o in cluster" ya-source="o"></ya-geo-object>
    </ya-cluster>
    <ya-collection>
        <ya-geo-object ng-repeat="o in collection" ya-source="o"></ya-geo-object>
    </ya-collection>
</ya-map>
    

javascript:

$scope.params={
    pointCount:100,
    useCluster:false,
    size:64
};
$scope.cluster=[];
$scope.collection=[];
function getRandomCoordinates (bounds) {
    var size = [bounds[1][0] - bounds[0][0], bounds[1][1] - bounds[0][1]];
    return [Math.random() * size[0] + bounds[0][0], Math.random() * size[1] + bounds[0][1]];
}
$scope.add = function(){
    var placemarksNumber = $scope.params.pointCount,
        bounds = _map.getBounds(),
    // Флаг, показывающий, нужно ли кластеризовать объекты.
        useClusterer = $scope.params.useCluster,
    // Размер ячейки кластеризатора, заданный пользователем.
        gridSize = $scope.params.size;

    if (gridSize > 0 && useClusterer) {
        _cluster.options.set({
            gridSize: gridSize
        });
    }
    for (var i = 0; i < placemarksNumber; i++) {
        var point = {
            geometry:{
                type:'Point',
                coordinates:getRandomCoordinates(bounds)
            }
        };
        if(useClusterer){
            $scope.cluster.push(point);
        }else{
            $scope.collection.push(point);
        }
    }
};
$scope.remove = function(){
    $scope.cluster.length=0;
    $scope.collection.length=0;
};
var _map, _cluster;
$scope.init=function(map){
    _map=map;
};
$scope.initCluster=function(cluster){
    _cluster=cluster;
}
Количество меток:
Использовать кластеризатор
Размер ячейки кластера в пикселях: